通常のRoute53登録では問題になることはないが、Route53をVPCからしかアクセスできないPrivate DNSとして使えるようになったのは既知の事実。

Route53 Requestには、5 request/1s (AWSアカウント単位）の制限がある。AutoScalingでRoute53でリクエストする場合は、リトライ処理は必須となる。100%再現までとはいかないが、かなりの確率でAPI Errorが起きます。

AutoScaling Launch Configrationで使うことができるcloud-initスクリプトはqiitaにアップしてありますので、こちらを参照ください。

http://qiita.com/web_se/items/754353b49013a37913e5