java.awtを使っていた当時だと、マウスカーソルを非表示にするのに、以下のように黒で透明なカーソルを作成する必要がありましたが、

http://tech.tesh.co.jp/?p=45

JavaFX 2ですと、AnchorPane上のカーソルを以下一行で非表示にできるようになりました。

pane.setCursor(Cursor.NONE);

JavaFXだと、TimeLineを利用して、定期的に処理を走らせることも簡単に作れます。

JavaFXのレイアウトもXMLで管理できて、柔軟なインターフェースが設計可能です。

JavaFXは新しい技術なので、書籍等の情報が少ないのが難点。