IPv6でアクセスしてくると一部コンテンツがNot Foundになってしまう。
IPv6アクセスだと、パーマリンクのURLが効かなくなっているようです。
apache側の設定ミスでした。(IPv6用VirtualHostの未設定)
[Tue Jan 08 21:26:21 2013] [error] [client 2001:e41:xxxx:xxxxx::1] File does not exist: /var/www/html/sakura_6rd_dovecot, referer: http://www.totalsolution.biz/
ログからわかることは、.htaccessのmod_rewriteが動いていない様子。
VirtualHostで、AllowOverRideを有効にしている場合、IPv4用のVirtualHostではIPv6からのアクセスに対応できないために、.htaccessが有効になっていないために、上記現象が発生していました。
IPv6のIPアドレスでVirtualHostを設定してあげて、アクセスできるようになりました。