Javaの統合開発環境であるeclipseは3.6 (コードネームHelios)以降でないと、64-bitに対応していません。32-bitだと使用できるメモリ制限（４M）があるから、JavaFXでリッチアプリケーションを開発する場合、64-bitの方がよろしいかと。リッチアプリケーションだと動画再生など扱うので、使用できるメモリはあったほうがいい。

まあeclipse 3.5ごろまでは、32-bitが主流であったからいたしかたないか。

また、VMware vSphere 5(ESXi5)からは、32bitマシンは切り捨てられ、64bitマシンのみ対応ということからも32bitのサーバーは今後ないかと。（コア数もマルチ（２～４）があたりまえ）