さくらのＶＰＳでプライマリＤＮＳを立てて、セカンダリＤＮＳをさくらのＤＮＳサーバーにお願いする際、さくらの会員サイトでセカンダリを依頼するドメインを登録するのだが、どうもさくら以外のＤＮＳをwhoisのネームサーバーに登録していると、登録ができません。
　さくらのネームサーバー以外をwhois上から一端削除したのち、さくらでドメイン登録すれば無事成功します。
　さくらネットワーク内のサーバー（ＶＰＳ）のネームサーバーが登録されてあってもドメイン登録エラーとなります。

※以下はさくらのサポートの回答メールより

whois 情報から確認できるネームサーバに弊社ネームサーバ
（ns1.dns.ne.jp/ns2.dns.ne.jp） およびそれ以外のネームサーバを混在して
登録されている場合、弊社ネームサーバ、もしくは弊社以外のネームサーバを
全て解除したうえでドメインの登録を行ってくださいますようお願いいたします。

ドメインの登録、ゾーン設定完了後にネームサーバを混在して参照すること
には問題はございません。

※ここまで

whois情報なので、ドメイン情報を変更しても、しばらく待つ必要があるかもしれません。